ก่อนพุทธศตวรรษที่ 16 โขนคือนาฏศิลป์ชั้นสูงที่ลึกลับและเก่าแก่ที่สุด ได้ถือกำเนิดขึ้นมา สืบต่อเล่าขานกันว่ายังมีแม่ไม้มวยไทยและเหล่าสรรพาศาตราวุธไทยโบราณ อันทรงอานุภาพอีกมากที่สูญหายไปตามกาลเวลา และบ้างถูกเก็บกักซ่อนเร้น อนุรักษ์สืบสานต่อทอดกันมารุ่นแล้วรุ่นเล่า ครั้งแรกที่คนทั้งโลกจะได้สัมผัสกับอานุภาพแห่งการต่อสู้ นาฏยุทธ ที่ถูกหลอมรวมเป็นหนึ่งเดียวระหว่าง นาฏศิลป์โขน และ ศิลปะการต่อสู้ได้อย่างกลมกลืน ลงตัว และไม่เคยปรากฎมาก่อน

ว่ากันว่า ณ จุดเริ่มต้นของทุกสรรพสิ่งในใต้หล้า ทุกชีวิตล้วนต่างถือกำเนิดและดำเนินไปภายใต้เส้นแห่งโชคชะตาที่ถูกขีดเขียนไว้แล้วจากใครบางคนที่อยู่เบื้องบน เฉกเช่นเดียวกับชีวิตของเทียน เด็กหนุ่มที่ถือกำหนดในฤกษ์พระกาฬ คืนวันอังคาร ขึ้นเก้าค่ำ เดือนเก้า ปีขาล บุตรชายเพียงคนเดียวของขุนสีหเดโช(สันติสุข พรหมศิริ) นายทหารผู้ซื่อสัตย์ซึ่งจงรักภักดีต่อเหนือหัวและปกป้องผืนแผ่นดินจากเหล่าผู้ฉ้อฉลและคนทรยศ

จากคำทำนายของพระครูปั้น เมื่อใดก็ตามที่เด็กหนุ่มเติบใหญ่ภายใต้วังวนแห่งคมดาบ และกลิ่นคาวเลือด จะนำมาซึ่งความสูญเสียของชีวิตและเลือดเนื้อของผู้คนจำนวนมาก ทำให้ขุนสีหเดโช สั่งห้ามมิให้ เทียนแตะต้องเหล่าสรรพวุธใดใด และส่งตัวไปให้ครูบัว(นิรุตติ์ ศิริจรรยา) เพื่อนสนิทซึ่งต่างเป็นลูกศิษย์ของพระครูปั้นเช่นเดียวกัน ช่วยบ่มเพาะสมาธิ เรียนรู้การหัดฝึกจิตให้นิ่ง และศึกษาในด้านวิชาโขนนาฏศิลป์ชั้นสูงซึ่งถือกำเนิดมาก่อนพุทธศตวรรษที่ 16 และการจัดหาสมุนไพรในการใช้ปรุงยาแทนโดยมีพิมลูกสาวของครูบัวคอยให้ความช่วยเหลือ และมีไอ้เหม็น (หม่ำ จ๊กมก) เป็นเพื่อนเล่น

แต่ดูเหมือนว่าชะตาเมื่อถูกลิขิตแล้ว ยากนักที่จะเปลี่ยนแปลง เพียงเพื่ออำนาจและความต้องการครองความเป็นใหญ่ พระยาราชเสนา (ศรัณยู วงษ์กระจ่าง) ตัดสินใจวางแผนลอบสังหารขุนสีหเดโชทั้งครอบครัว พร้อมเหล่าทหารที่จงรักภักดีชนิดขุนรากถอนโคนด้วยตนเอง เพียงทว่าฟ้ายังมีตา ทำให้เทียนเล็ดรอดจากการสังหารหมู่อย่างหวุดหวิดพร้อมพกเอาความคลั่งแค้นที่ฝังลึกอยู่ในจิตใจ

ระหว่างทาง เทียน ได้พบกับ เชอนัง (สรพงษ์ ชาตรี) หัวหน้ากองโจรผาปีกครุฑผู้ยิ่งใหญ่ช่วยชีวิตจากเหล่าพ่อค้าทาสและยักษ์ขมุจอมโหด โดยสังเกตุเห็นแววตาความเป็นนักฆ่าและความสามารถในการต่อสู้ที่แฝงเร้น จึงยื่นข้อเสนอให้เข้าร่วมเป็นหนึ่งในกองโจร พร้อมกับรับไปเป็นลูกบุญธรรม ให้การชุบเลี้ยงฝึกฝนเหล่าสรรพวิชาอาวุธในการต่อสู้ทุกรูปแบบไม่ว่าจะเป็นการต่อสู้ด้วยมือเปล่า หมัดมวย การใช้เวทย์มนต์คาถา การใช้สรรพวุธทุกชนิด ดาบ กระบอง วิชากล การใช้ระเบิด ฯลฯ จากเหล่าปรมาจารย์ผู้เชี่ยวชาญในแต่ละสาขาวิชา

เพียงทว่า เมื่อถึงจุดหนึ่ง ที่เรียกกันว่า จุดพลิกผันในชีวิต เจ้าแห่งชะตาชีวิตจักเป็นผู้กำหนดเส้นทางแห่งชีวิตสืบต่อไปด้วยตนเอง เมื่อนั้นความดีและความเลวที่สถิตย์อยู่ในตัวตนของแต่ละบุคคลจักทำหน้าที่ของมันสืบต่อไป วันเวลาผ่านไป เทียน(จาพนม ยีรัมย์) เติบใหญ่กลายเป็นหนุ่ม เป็นที่ยอมรับและเป็นกำลังสำคัญของหมู่กองโจรผาปีกครุตที่เข้าร่วมในการปฏิบัติภารกิจสำคัญทุกครั้ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อเขาสามารถสยบช้างงาดำ ช้างศักดิ์สิทธิ์ที่เหล่าชุมโจรให้ความเคารพและสักการะ ในขณะเดียวกันกับที่เชอนังเองตั้งใจที่จะมอบตำแหน่งหัวหน้ากองโจรเพื่อให้เทียนเป็นผู้รับหน้าที่สืบทอดต่อไป เพียงทว่า ณ ช่วงเวลานี้มีเพียงภารกิจเดียวที่สำคัญที่สุดในชีวิตที่เทียนจักต้องทำคือการขจัดความคลั่งแค้นที่มันสุมอกและท่วมท้นอยู่ในจิตใจมาโดยตลอดนั้นคือการมุ่งหน้าเพื่อสังหารเจ้าพระยาราชเสนาด้วยน้ำมือตนเอง

แต่ดูเหมือนว่าแผนที่เทียนวางไว้จะไม่เป็นไปอย่างที่คาดคิด ความเยาว์และความรุ่มร้อน หาได้เพียงพอต่อการหยั่งรู้ จิตมนุษย์ยากเร้นเกิดหยั่งถึง แผนการทั้งหมดหาได้รอดพ้นจากหูตาของเหล่าไพร่พลและขุนกำลังของพระยาราชเสนาไม่ ทำให้ให้เทียนถูกจับทรมานจนเกือบตาย

พละกำลังและความสามารถที่ถูกบ่มเพาะมาทั้งชีวิตถูกทำลายจนหมดสิ้น แต่ได้รับความช่วยเหลือจนรอดชีวิตจากพิมและครูบัว เทียนถูกนำตัวไปยังหมู่บ้านของครูบัวในหุบเขาที่ครั้งอดีต เขาเคยได้มีโอกาสเรียนรู้การบ่มเพาะสมาธิ การฝึกควบคุมร่างกาย กล่อมเกลาสภาวะแห่งจิตให้นิ่ง ทุกสิ่งทุกอย่างได้หวนคืนกลับมาสู่จุดเริ่มต้นอีกครั้ง เหมือนชีวิตได้ถือกำเนิดใหม่ขึ้นอีกครั้ง วันคืนค่อย ๆ ผ่านพ้นไป พร้อม ๆ กับสภาพร่างกายและจิตใจของเทียนได้รับการฟูมฟักฟื้นคืนกลับมาอีกครั้ง ครูบัวที่ปัจจุบันกลายเป็นพระบัวเปิดทางให้เทียนได้ค้นพบกับปริศนาธรรมและความลับบางประการที่แทรกตัวอยู่ในวิชานาฏศิลป์ชั้นสูงอย่าง โขน จนในท้ายที่สุดเทียนได้หล่อหลอมเอาจิตวิญญาณแห่งพลังศรัทธาสมาธิมาผสมผสานกับนาฏศิลป์โขนโบราณ ก่อเกิดเป็นนาฏยุทธ ศิลปะการต่อสู้ภายใต้รูปแบบที่อ่อนช้อย สง่างาม และทรงอานุภาพอย่างที่ยากจักหาสิ่งใดมาทัดเทียมและไม่เคยปรากฎขึ้นมาก่อน

เหนือผืนพิภพในใต้หล้า ภายใต้พสุธาอันกว้างใหญ่ ว่ากันว่าศาสตราวุธที่ทรงอานุภาพที่สุด คือการบรรลุถึงจิตวิญญาณอันบริสุทธิ์ที่หลับใหลอยู่ในตัวตน ก่อเกิดจาก พลังสมาธิจากจิตที่สงบนิ่ง หลอมหลวมเข้ากับ ศรัทธาอันแรงกล้า จากธาตุทั้ง4นั่นคือ ดิน น้ำ ลม ไฟซึ่งแฝงเร้นอยู่ในธรรมชาติรอบกาย ภายใต้จิตแห่งความใฝ่ดีที่ไม่เคยดับสูญ และนี่คือจุดเริ่มต้นของ องค์บาก 2ตำนานการต่อสู้แห่งจิตวิญญาณที่หลอมรวมพลังศรัทธาอันมุ่งมั่นที่ไม่เคยดับสูญของบุรุษผู้เกิดมาเพื่อเป็นตำนาน